В системе chatwoot есть возможность подключать Business WA через официальный API,
задача подключить WA номера напрямую к системе chatwoot, что бы сохранился функционал системы, и была возможность принимать и отправлять сообщения.
можно попробовать интегрироваться в систему API, можно сделать отдельный модуль - как вам будет удобнее.
Исходники системы есть тут - https://www.chatwoot.com/